ในสมัยพุทธกาล เมื่อพระสัมมาสัมพุทธเจ้าได้ตรัสรู้ธรรมอันวิเศษแล้ว พระองค์ได้ออกเดินทางเผยแพร่ธรรมะแก่ชาวชนบทน้อยใหญ่ในแถบดินแดนชมพูทวีป จนมีผู้รู้แจ้งเห็นจริงในสัจธรรมเป็นจำนวนมาก ในกาลนั้นพระพุทธองค์ได้แสดงปาฏิหารย์มาปรากฏกายทิพย์ ณ บนยอดดอยแห่งนี้ แล้วทรงเปล่งพระฉัพพรรณรังสีสว่างเจิดจ้าไปทั่วบริเวณ ขณะนั้นได้มีพญานาคคู่หนึ่งอาศัยอยู่ในหนองบัว (อยู่ห่างจากวัด ประมาณ 1 กิโลเมตร) ได้เห็นฉัพพรรณรังสี จึงแปลกใจพากันเลื้อยขึ้นสู่ยอดดอย ได้ทัศนาเห็นพระพุทธองค์ บังเกิดความเลื่อมใสจึงแปลงกายเป็นชายหนุ่มหญิงสาวมาเข้าเฝ้า พร้อมกับได้นำดอกบัวมาถวายพระพุทธองค์ทรงรับ เอาดอกบัวนั้นไว้แล้วจึงแสดงธรรมโปรด และประทานเกศาธาตุแก่พญานาคแปลงคู่นั้น พญานาคจึงได้อธิษฐานสร้างเจดีย์หิน แล้วนำเอาพระเกศาธาตุบรรจุไว้บนดอยแห่งนี้

 

ต่อมาได้มีนายพรานผู้แสวงหาของป่าได้มาพบเห็นเจดีย์มีลักษณะสวย จึงเกิดอัศจรรย์แล้วได้นำเอาก้อนหินมาก่อเป็นรูปเจดีย์ขึ้น กลางคืนได้นิมิตรว่า เจดีย์ที่ตนพบนั้นเป็นที่บรรจุพระเกศาธาตุของพระพุทธเจ้า จึงได้บอกกล่าวชักชวนประชาชนในแถบนั้นขึ้นไปสักการะบูชา และเรียกชื่อภูเขาแห่งนี้ว่า "ดอยเส้นเกศ" ต่อมาจึงเพี้ยนมาเป็น "ดอยสะเก็ด" 

 

ดอยแห่งนี้ได้มีพุทธศาสนิกชนขึ้นมา นมัสการเจดีย์หินอันเป็นที่บรรจุเกศาธาตุมากขึ้น จึงได้ก่อเจดีย์ปูนเสริมให้ใหญ่และมั่นคงกว่าเดิม และได้มีพระภิกษุรูปหนึ่งชื่อว่ "ครูบาเก๋" จากเมืองน่านมาสร้างวิหารและบูรณะเจดีย์พร้อมทั้งสถาปนาขึ้นเป็นวัด เรียกว่า "วัดดอยสะเก็ด" กระทั่งมีชาวบ้านเข้ามาอยู่อาศัยในเชิงดอยและ ใกล้เคียงมากขึ้น ทางราชการจึงได้จัดตั้งเป็นอำเภอ

 

เมื่อจุลศักราช 1197 พ่อน้อยอินทจักร ได้มาบูรณะวิหารหลังเก่าอีก เมื่อจุลศักราช 1247 ครูบาชัยวัดลวงเหนือ ได้มาซ่อมแซมวิหารให้ดีกว่าเดิม และเสริมเจดีย์ให้ใหญ่กว่าขึ้นกว่าเดิมและในจุลศักราช 1257 ตรงกับพ.ศ. 2448 พระอภิวงศ์ หรือ ครูบากาวิชัย พร้อมด้วยพ่อหนานอินทวงส์ (พ่อขุนผดุงดอยแดน) ได้มาตั้งบ้านเรือนอยู่ในหมู่บ้านเชิงดอย เป็นครอบครัวแรกได้ร่วมกันอุปถัมภ์วัดดอยสะเก็ดเรื่อยมา

 

วัดดอยสะเก็ด เป็นวัดที่มีความศักดิ์สิทธิ์ ใครคิดหรือทำอะไรไม่ดีงามจะประสบกับเหตุการณ์ที่ไม่น่าปรารถนาหลายประการ ถ้าใครตั้งใจทำดีจะมีแต่ความเจริญรุ่งเรือง เจดีย์องค์เดิมของวัดดอยสะเก็ดมีความศักดิ์สิทธิ์มาก ว่ากันว่าในโอกาสสำคัญและฤกษ์งามยามดีจะมีรัศมีสว่างไสว บางโอกาสจะมีแสงคล้ายดวงไฟลอยขึ้นสู่อากาศ ปีละหลาย ๆ ครั้ง ปูชนียวัตถุของโบราณเก่าแก่ล้ำค่า ของวัดดอยสะเก็ดมีมาก เช่น พระบรทสารีริกธาตุ ที่เป็นสิ่งเคารพสักการะของชาวอำเภอดอยสะเก็ด ทุก ๆ ปีในเดือน 8 เป็ง (ขึ้น 15 ค่ำเดือน 6 ใต้) ทางวัดจะอัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุลงมาจากที่ประดิษฐานเพื่อให้พุทธศาสนิกชนได้สรงน้ำ และจะมีปรากฏสิ่งอันเป็นปาฏิหารย์ทุกครั้ง นอกจากนี้ที่วัดยังมีพระพุทธรูปบูชาทองคำ พระพุทธรูปบูชาทองสำริดอีกจำนวนมาก 

 

เมื่อมาถึงวัดดอยสะเก็ดสิ่งที่สะดุดตา เห็นจะเป็นพระพุทธรูปขนาดใหญ่ชื่อพระพุทธมหาปฏิมากร หน้าตักกว้าง 9.99 เมตร พระพุทธรูปองค์นี้สร้างขึ้นเนื่องในวโรกาสเฉลิมพระชนม์พรรษา ครบ 5 รอบ ของสมเด็จพระนางเจ้าพระบรมราชินีนาถ ไม่ไกลนักจากองค์พระเป็นที่ตั้งของ พระเจดีย์เกศาธาตุ ซึ่งสร้างขึ้นใหม่ครอบเจดีย์องค์เดิมไว้ เจดีย์นี้จะอยู่คู่กับพระวิหารจัตุรมุข ซึ่งภายในมีภาพเขียนฝาผนังปริศนาธรรมที่สวยสดงดงามมากที่สุดแห่งหนึ่งเท่าที่เคยพบมา ภาพเขียนปริศนาที่อยู่ในพระวิหารจัตุรมุขมีทั้งหมด 18 ชุด ซึ่งแบ่งเป็นภาพเขียนลายไข่มุขและภาพเขียนสี โดยแต่ละภาพที่เขียนจะมีความหมายในทางพระพุทธศาสนาทั้งสิ้น เช่นภาพเขียนแรกที่เราเห็นคือภาพเขียนรูปพระโพธิสัตว์ประทับ อยู่บนสวรรค์ชั้นดุสิตแวดล้อมไปด้วยหมู่นางฟ้า และเทวดาและภาพพระโพธิสัตว์กำลังประสูติ แล้วประทับยืนบนดอกบัวมีทวยเทพโปรยข้าวตอกดอกไม้ นอกจากนี้ยังภาพเขียนี่เขียนจากสีน้ำที่แฝงไว้ด้วยความหมายต่าง ๆ เช่นภาพผ้าเหลืองบังพระสงฆ์ ซึ่งหมายถึง เมื่อคคิดถึงพระก็มักคิดถึงคนที่ห่มเหลือง ทรงบริขารแปดของพระสงฆ์ จึงมุ่งเข้าหาพระ และถูกพระในรูปแบบต่าง ๆ สั่งสอนในทางที่ไม่ใช้ทางแก้ทุกข์ ภาพเขียนเหล่านี้เขียนขึ้นจากช่างฝีมือในสกุลล้านนา แบบสมัยใหม่มีการนำเทคนิคพิเศษเข้ามาผสมในการเขียนด้วย

 

รอบบริเวณวัดดอยสะเก็ดยังมีสถานที่ต่าง ๆ อีกมากมายที่เหมาะแก่การพักผ่อนและปฏิบัติธรรม วัดดอยสะเก็ดแห่งนี้นอกเหนือจะเป็นวัดประจำอำเภอและวัดพัฒนาตัวอย่างประจำอำเภอแล้ว วัดเป็นศูนย์รวมจิตใจของพระสงฆ์ และชาวอำเภอดอยสะเก็ดรวมถึงพุทธศาสนิกชน จากทั่วสารทิศอีกด้วย